Pour assurer sa renommée et afin de mieux former son personnel, le Centre de Formation Navale quitte Ostende pour s’installer à Bruges sous les ordres du Capitaine de Frégate Van Waesberghe.
Le Centre d’instruction navale, Cominav, à Sainte-Croix, est compétent pour la politique d’instruction (jusqu’en septembre 1998), et la formation.
L’Ecole des Opérations est transférée à Den Helder (1996).
L’Ecole Technique est basée à Bruges.
L’Ecole Commissariat est belgo-néerlandaise (depuis septembre 1996).
Le Détachement d’instruction navale, Detinav.
L’Ecole d’application (Cfr supra Den Helder, Eguermin et Ecole de plongée).